Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Kota Pasuruan mengalami beberapa perkembangan. Pada tahun 1964 atas dorongan masyarakat Kota Pasuruan yang menginginkan ada lembaga pendidikan yang bernuansa Islam, maka pengurus yayasan Lembaga Pendidikan Ma’arif mendirikan IAIP (Institut Agama Islam Pasuruan). Karena kurikulimnya sulit dibentuklah SPIAIP (Sekolah Persiapan Istitut Agama Islam Pasuruan) sederajat dengan PGA/SMU yang terlatak di Poncol dan kegiatan belajar mengajarnya berlangsung sore hari.
Animo masyarakat terhadap lembaga pendidikan tersebut cukup besar terbukti dengan perkembangannya cukup besar yang ditandai dengan banyaknya siswa yang menempuh pendidikan di lembaga tersebut, sehingga lokalnya tidak memenuhi syarat.
Pada peristiwa G.30.S/PKI, banyak gedung yang berbau komunis disita oleh pemerintah. Gedung milik yayasan Siswa Jaya yang berada di Jl. Dr. Wahidin Utara No. 66 eks milik PNI aliran M. Surahman yang pro komunis termasuk disita. (Jl. Dr. Wahidin Utara No. 66 ini mulai tahun 1994 diubah menjadi Jl. Dr. Wahidin Sudiro Husodo 59).
Karena SPIAIP membutuhkan gedung maka oleh KODIM disuruh memilih antara gedung BAPERKI dan gedung milik yayasan Siswa Jaya. Gedung BAPERKI kemudian dipilih oleh SMA 1 Pasuruan, sedangkan gedung milik yayasan Siswa Jaya kemudian ditempati oleh MAN Pasuruan sampa sekarang.
Sehubungan dengan Lembaga Pendidikan Ma’arif yang mengajukan untuk dinegerikan, maka pada tanggal 27 September 1967 SPIAIP menjadi SPIAIN (Sekolah Persiapan Institut Agama Islam Negeri) dengan kepala sekolah yang pertama Drs. Fatkhul Mubin Djaka, dan lama pendidikannya ditempuh selama 2 tahun yang berlangsung sampai dengan tahun 1968, namun kemudian ditempuh selama 3 tahun sampai sekarang.
Pada tahun 1975 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama, SPIAIN resmi menjadi MAAIN (Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri).
Pada tahun 1976 MAAIN direstukturisasi menjadi MAN (Madrasah Aliyah Negeri) Pasuruan berdasarkan SKB 3 Mentri (Mentri Agama, Mentri Pendidikan dan Kebudayaan, dan Mentri Dalam Negeri).
Pada tahun 1985/1986 MAN Pasuruan mulai menempati lokasi tambahan yang baru di Jl. Erlangga (Wironini) Kota Pasuruan . Jadi, mulai tahun pelajaran 1985/1986 MAN Pasuruan menempati dua lokasi sampai sekarang.